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科学家构建水稻全基因组功能单倍型数据集
瞿剑

  据中国农科院最新消息,该院作物科学研究所水稻分子设计技术与应用创新团队,构建了一个全基因组基因功能单倍型(gcHap)数据集,全面揭示了亚洲栽培稻基因功能单倍型自然变异特征,提出亚洲栽培稻多起源(驯化)假说。相关研究成果新近发表于《分子植物(Molecular Plant)》杂志上。

  研究人员根据“日本晴”水稻参考基因组注释信息,基于3010份水稻核心种质基因编码区的非同义SNP数据,构建了一个由45963个基因组成的全基因组基因功能单倍型数据集;全面揭示了亚洲栽培稻基因功能单倍型自然变异特征,提出亚洲栽培稻多起源(驯化)假说,评估了现代育种对全基因组功能单倍型多样性的影响。他们还开发了适用于功能单倍型数据全基因组关联分析和全基因组预测的软件包“HAPS”,为今后水稻基因的基础研究和复杂性状有利等位基因发掘提供极大便利。

  (科技日报记者  瞿剑)

     
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